Issus de dons successifs au fil des siècles, l'ensemble immobilier appartenant à l'Institution est important. Il compte quelques beaux fleurons datant du XVème comme le couvent des Cordeliers, mitoyen de l'Hôtel-Dieu, ainsi que le Bastion attenant, ou encore l'Hôtel de Saulx.
Au fur et à mesure que l'activité hospitalière a quitté les salles de l'Hôtel-Dieu, celles-ci ont été aménagées et agrémentées pour le plaisir et la curiosité des visiteurs.
Plusieurs d'entre elles sont à disposition pour l'organisation de séminaires, de manifestation prestigieuses, de mariages et de galas
• La Chambre du Roy
Prestigieuse, salle de réception de 100 m² aux murs garnis de boiseries et tentures qui mettent en valeur le portrait du Roi Louis XIV, hôte d’honneur des lieux en 1658. Située au 1er étage de l’Hôtel-Dieu, elle domine par sa galerie d’accès la Cour d’Honneur de l’Hôtel-Dieu ; ses larges fenêtres vous invitent à admirer les jardins où trônent les statues des fondateurs.
• Le Bastion médiéval
Cadre habituel du dîner de gala de la célèbre Vente des Vins des Hospices de Beaune, cette grosse tour à usage défensif a été construite au XVèmesiècle sous le règne de Louis XI. Il est situé en bordure des jardins et des cours de l’Hôtel-Dieu depuis lequel on peut y accéder directement mais également par un grand parking attenant. Cet espace de 400m2 composé de 2 larges voûtes qui se rejoignent en s’appuyant sur 3 arches permet l'organisation de réceptions, mariages mais aussi conférences et expositions. Il peut accueillir 368 personnes assises et 500 personnes debout.